Dans une vieille usine désaffectée, Jérémie Belpois, un collégien de 13 ans, découvre par hasard une pièce secrète où sommeille un vieil ordinateur…

Avec ses camarades de pensionnat, Ulrich, Odd et Yumi, ils vont parvenir à le reconnecter et vont se trouver d’emblée plongés dans un monde virtuel nommé Lyoko, un univers hanté par la puissance maléfique de X.A.N.A.

Une jeune elfe, Aelita,  y est prisonnière, amnésique, et le temps semble n’avoir eu aucune emprise sur elle...